Les données d’observations de mammifères marins (N = 5 324) recueillies par des observateurs en mer et présentées à Pêches et Océans Canada (MPO) entre 1979 et 2024, dans trois régions du MPO (Arctique, Terre-Neuve-et-Labrador et Maritimes). Les méthodes de compilation des données initiales sont présentées dans le rapport technique connexe intitulé « Marine mammal records collected by the at-sea observer program in Arctic, Newfoundland and Labrador, and Maritimes regions: A summary of challenges and opportunities for future research ». Veuillez citer ces données comme suit : Feyrer, L.J., Colbourne, N., Lawson, J.W., Moors-Murphy, H.B., Ferguson, S. Dataset update to Marine mammal records collected by the At-Sea Observer program in Arctic, Newfoundland and Labrador and Maritimes regions. Date de publication : février 2025. Sciences des écosystèmes et des océans, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, Nouvelle-Écosse.

11 Rorquals bleus marqués (Balaenoptera musculus) ont été suivis pendant les déplacements diurnes de même que le comportement alimentaire dans l'estuaire du fleuve Saint-Laurent. Une Densité de noyau a été appliquée à tous les individus combinés pour déterminer les zones de haute densité d'alimentation (30, 40, 50, 60, 75, 95 %).Doniol-Valcroze T, Lesage V, Giard J, Michaud R, 2012. Challenges in marine mammal habitat modelling: evidence of multiple foraging habitats from the identification of feeding events in blue whales. Endang Species Res, Vol. 17 : 255–268, doi : 10.3354/esr00427(Version Anglaise seulement)

Les unités marines pélagiques sont destinées à décrire la surface et la colonne d'eau de la mer. Deux variables ont été sélectionnées pour calculer les unités pélagiques : 1. Salinité et 2. Stratification. La Classification écologique marine de la Colombie-Britannique (BCMEC) est une classification hiérarchique qui délimite les zones marines provinciales en écozones, écoprovinces, écorégions et écosections. La classification a été développée à partir des classifications écologiques marines fédérales et provinciales précédentes qui étaient basées sur des informations à l'échelle 1:2 000 000. Le BCMEC a été élaboré pour la planification marine et côtière, la gestion des ressources et une stratégie provinciale en matière d'aires marines protégées. Un nouveau niveau de classification plus restreint appelé ecounits développé en utilisant la profondeur, le courant, l'exposition, le relief souterrain et le substrat à l'échelle 1:250 000 a été créé pour vérifier les plus grandes écosections et délimiter leurs limites. Le CRIMS est un ancien ensemble de données sur les ressources côtières de la Colombie-Britannique qui a été acquis de manière systématique et synoptique à partir de 1979 et qui a été mis à jour par intermittence au fil des ans. L'information sur les ressources a été collectée dans neuf zones d'étude par le biais d'un comité provincial des normes d'information sur les ressources évalué par des pairs, composé d'agents des pêches du MPO, des Premières nations et d'autres experts en la matière. Il n'est actuellement pas prévu de mettre à jour ces anciennes données.** Cet élément de métadonnées provenant d’une tierce partie a été traduit à l'aide d'un outil de traduction automatisée (Amazon Translate). **

Le Programme d’évaluation environnementale régionale de Beaufort – Projet sur les poissons marins (2012-2014) et le Programme d’évaluation des écosystèmes marins de la mer de Beaufort au Canada (ÉÉM-MBC, 2017-présent) menés par Pêches et Océans Canada permettent de réaliser des relevés en mer des poissons et des écosystèmes marins sur le plateau et le talus de la partie canadienne de la mer de Beaufort en août et au début septembre. Les projets sont axés sur l’intégration de l’océanographie, les liens entre les réseaux alimentaires, les couplages physiques et biologiques et les variabilités spatiales et interannuelles, dans le contexte des changements en cours induits par le climat, y compris l’acidification accrue des océans. L’échantillonnage a été effectué à partir du navire de pêche Frosti à des stations le long de transects s’étendant de 20 à 1 000 m. On a collecté le zooplancton à l’aide d’un système de filets de type Bongo ou de filets multiples en conjonction avec un échantillonnage océanographique et biogéochimique.

Ce jeu de données de format shapefile a été conçu à partir des polygones extraits de la géodatabase Cartographie des écosystèmes côtiers du Québec maritime (2022, Laboratoire de dynamique et de gestion intégrée des zones côtières, Pêches et Océans Canada), décrit dans le paragraphe ci-après. Il est constitué des polygones comportant de la zostère marine et rassemble les attributs décrivant la couverture végétale, la composition des herbiers, le nom de l’écosystème, les données d’imagerie ayant permis la photo-interprétation et la présence ou non de données de terrain. Un numéro séquentiel unique associé à chaque polygone permet de retracer le polygone apparié de la géodatabase des écosystèmes côtiers pour connaître les valeurs d’attributs non détaillé dans le présent shapefile. La région d’étude comprend l’ensemble des littoraux estuariens et maritimes du Québec, à l’exception de certains secteurs dont la majeure partie de la Basse-Côte-Nord et de l’Île d’Anticosti, à l’exception des villages de Kegaska, la Romaine, Chevery, Blanc-Sablon et Port-Menier. Certaines îles au large des côtes de l’estuaire et du golfe font parties de la région couverte, telles que l’Île d’Orléans, l’Isle-aux-Coudres, l’Île Verte et l’Île Bonaventure.Le projet de Cartographie des écosystèmes côtiers du Québec maritime a été réalisée conjointement par le Laboratoire de dynamique et de gestion intégrée des zones côtières (LDGIZC) de l’Université du Québec à Rimouski dans le cadre du Projet Résilience côtière; et par l’équipe de Pêches et Océans Canada, dans le cadre de l’initiative Planification pour une Intervention Marine Intégrée (PIMI) du Plan de Protection des Océans (PPO). Dans le cadre de ce projet, une classification des écosystèmes côtiers a été réalisée sur plus de 4 200 km de corridor côtier, avec pour sujet les littoraux estuariens et maritimes du Québec situés entre la limite du haut-estran et l'infralittoral peu profond (environ 10m de profondeur). La méthode de cartographie développée s’appuie sur une segmentation et classification semi-automatisée et une photo-interprétation des écosystèmes côtiers, à partir de photographies multispectrales (RBVI) à très haute résolution (30 cm) acquises entre 2015 et 2020 par le MPO. La classification des entités surfaciques (polygones) s'appuie sur l'attribution de classes de valeurs pour les attributs biologiques et physiques à l'étude (par ex. étagement, substrats, type végétaux, couverture de la végétation, géosystème, etc.). Des photographies obliques héliportées et des données de terrain ont contribué à réduire l’incertitude associée au travail de photo-interprétation. L'UQAR et le MPO ont mené des campagnes d'échantillonnage terrain visant respectivement le médiolittoral (4 390 stations) puis la zone médiolittorale inférieure et infralittorale (2 959 stations), ce qui a permis de valider certains attributs identifiés par photo-interprétation et d'apporter une information détaillée sur la structure des communautés. La géodatabase de la Cartographie des écosystèmes côtiers est hébergée et diffusée par l'UQAR sur la plateforme cartographique SIGEC-Web: https://ldgizc.uqar.ca/Web/sigecwebCredits © MPO (2023, Pêches et Océans Canada)Provencher-Nolet, L., Paquette, L., Pitre, L.D., Grégoire, B. and Desjardins, C. 2024. Cartographie des macrophytes estuariens et marins du Québec. Rapp. Tech. Can. Sci. halieut. Aquat. 3617 : v + 99 p.Grégoire, B., Pitre, L.D., Provencher-Nolet, L., Paquette, L. and Desjardins, C. 2024. Distribution d’organismes marins de la zone côtière peu profonde du Québec recensés par imagerie sous-marine de 2017 à 2021. Rapp. tech. can. sci. halieut. aquat. 3616 : v + 78 p.Grégoire, B. 2022. Biodiversité du relevé côtier Planification pour une intervention environnementale intégrée dans l’estuaire et le golfe du Saint-Laurent (2017–2021). Observatoire global du Saint-Laurent. [Jeu de données]Jobin, A., Marquis, G., Provencher-Nolet, L., Gabaj Castrillo. M. J., Trubiano C., Drouet, M., Eustache-Létourneau, D., Drejza, S. Fraser, C. Marie, G. et P. Bernatchez (2021) Cartographie des écosystèmes côtiers du Québec maritime — Rapport méthodologique. Chaire de recherche en géoscience côtière, Laboratoire de dynamique et de gestion intégrée des zones côtières, Université du Québec à Rimouski. Rapport remis au ministère de l’Environnement et de la Lutte contre les changements climatiques, septembre 2021, 98 p.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S) . Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 ( 31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicas par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtré également pour retirer toutes les séquences d’adapteurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d’espèce régionale, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinés. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible via la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

Les systèmes de classification marine fondés sur des substituts abiotiques orientent souvent la planification régionale de la conservation marine au lieu de données biologiques détaillées. Toutefois, ces systèmes peuvent mal représenter les modèles biologiques écologiquement pertinents nécessaires à une conception et à des stratégies de gestion efficaces. Nous avons utilisé une approche de modélisation au niveau de la communauté pour caractériser et délimiter des assemblages représentatifs à méso-échelle (des dizaines à des milliers de kilomètres) de poissons démersaux et d’invertébrés benthiques dans l’Atlantique Nord-Ouest. Le regroupement hiérarchique des données sur la présence des espèces provenant de quatre relevés régionaux annuels multispécifiques au chalut a révélé de trois à six regroupements (types d’assemblage prédominants) dans chaque région de relevé, généralement associés à des caractéristiques géomorphiques et océanographiques. Les analyses d’indicateurs ont permis d’identifier de 3 à 34 taxons emblématiques de chaque type d’assemblage. Les classifications selon une approche de forêt aléatoire ont prédit avec précision les répartitions d’assemblage à partir des covariables environnementales (courbe de l’opérateur récepteur > 0,95) et ont déterminé les limites thermiques (températures minimales et maximales annuelles du fond) comme des prédicteurs importants de la répartition dans chaque région. En utilisant les conditions océanographiques prévues pour l’année 2075 et un modèle de classification régionale, nous avons projeté la répartition des assemblages dans la biorégion la plus méridionale (plateau néo-écossais et baie de Fundy) dans le cadre d’un scénario climatique à fortes émissions (RCP 8.5). Des extensions de l’aire de répartition vers le nord-est sont prévues pour les assemblages associés aux eaux plus chaudes et moins profondes de l’ouest du plateau néo-écossais au cours du 21e siècle, à mesure que l’habitat thermique de l’est du plateau néo-écossais, relativement plus frais, devient plus favorable. La modélisation au niveau de la communauté fournit une approche biotique permettant de déterminer la structure écologique à grande échelle nécessaire à la conception et à la gestion de réseaux de zones de protection marine écologiquement cohérents, représentatifs et bien reliés entre eux. Combinée aux prévisions océanographiques, cette approche de modélisation fournit un outil spatial permettant d’évaluer la sensibilité et la résilience aux changements climatiques, ce qui peut améliorer la planification de la conservation, la surveillance et la gestion adaptative.Citer ces données comme: O'Brien, J.M., Stanley, R.R.E., Jeffery, N.W., Heaslip, S.W., DiBacco, C., and Wang, Z. Assemblages de poissons démersaux et d’invertébrés benthiques dans l’Atlantique Nord-Ouest.Publié en Decembre 2024. Division de la science des écosystèmes côtiers, Région du Maritimes, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É). https://open.canada.ca/data/fr/dataset/14d55ea5-b17d-478c-b9ee-6a7c04439d2b

Le relevé au chalut de la biodiversité côtière dans la baie Passamaquoddy a été effectué chaque année entre juillet et octobre de 2009 à 2019. Son objectif était de suivre les changements à long terme concernant la présence des espèces locales, leur utilisation de l’habitat et leur santé. Les activités d’échantillonnage visaient à soutenir la recherche côtière dans les domaines de la pêche, de l’aquaculture, des aires marines protégées et des changements écosystémiques. L’utilisation des données collectées avant 2013 n’est généralement pas recommandée pour une analyse comparative en raison des changements concernant les navires, les efforts d’échantillonnage et les protocoles.

Données biologiques de base pour tous les poissons pris au cours de l’expédition de 2012 du BSMFP. Comprend l’identification, le poids, la longueur (totale, à la fourche et standard), le poids du foie, le poids des gonades, le sexe et le niveau de maturité.

Depuis 2005, Pêches et Océans Canada recueille des données de surveillance sur les espèces aquatiques envahissantes (e.g https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/8d87f574-0661-40a0-822f-e9eabc35780d, https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/503a957e-7d6b-11e9-aef3-f48c505b2a29, https://ouvert.canada.ca/data/fr/dataset/8661edcf-f525-4758-a051-cb3fc8c74423). Ces données de surveillance et des informations supplémentaires sur l’occurrence des espèces provenant de bases de données en ligne et d’ouvrages scientifiques ont été jumelées à des données environnementales à haute résolution et à des modèles océanographiques tirés de modèles de répartition des espèces qui prédisent les répartitions potentielles actuelles et futures de 12 espèces envahissantes à risque modéré ou élevé sur les côtes est et ouest du Canada. Les répartitions futures ont été prédites pour 2075, conformément au profil représentatif d’évolution de concentration 8.5 du cinquième Rapport d’évaluation du Groupe intergouvernemental sur l’évolution du climat. La richesse actuelle et future de ces espèces (c.-à-d. les points chauds) a aussi été estimée en additionnant les probabilités d’occurrence. Cet ensemble de données inclut les lieux d’occurrence de chaque espèce, les résultats de modélisation des répartitions actuelles et futures de chaque espèce et la richesse estimée des espèces. Cette recherche a été publiée dans la littérature scientifique (Lyons et al. 2020). Lyons DA, Lowen JB, Therriault TW, Brickman D, Guo L, Moore AM, Peña MA, Wang Z, DiBacco C. (In Press) Identifying Marine Invasion Hotspots Using Stacked Species Distribution Models. Biological InvasionsCiter ces données comme suit : Lyons DA., Lowen JB, Therriault TW., Brickman D., Guo L., Moore AM., Peña MA., Wang Z., DiBacco C. Données de: Modèles de répartition et données d’occurrence pour la détermination des points chauds des espèces marines envahissantes Date de publication: Novembre 2020. Division des sciences des écosystèmes côtiers, Pêches et Océans Canada, Dartmouth (Nouvelle-Écosse). https://open.canada.ca/data/en/dataset/1bbd5131-8b34-4245-b999-3b4c4259d74f