L’aquaculture des bivalves a des effets directs et indirects sur les communautés planctoniques, qui sont très sensibles aux changements climatiques à court terme (saisonniers et interannuels) et à long terme, bien que la façon dont ces dynamiques modifient les interactions entre l’aquaculture et l’écosystème soit mal comprise. Ici, nous étudions les tendances saisonnières de l’abondance du plancton et de la structure de la communauté couvrant plusieurs fractions de taille allant de 0,2 µm à 5 mm, dans une échancrure d’aquaculture profonde dans le nord-est de Terre-Neuve, au Canada. À l’aide de la cytométrie en flux et de l’imagerie FlowCam, nous avons observé une relation saisonnière claire entre les tailles de fractions découlant de la stratification des colonnes d’eau (apport d’eau douce, disponibilité des nutriments, disponibilité de la lumière et température de l’eau). L’abondance du plancton a diminué proportionnellement à l’augmentation de la fraction de taille, ce qui correspond à la théorie des spectres de taille. Dans la baie, on a observé une plus grande abondance de mésozooplancton et une plus grande abondance relative de copépodes à proximité de la concession aquacole. Aucun effet spatial important n’a été observé pour la composition du phytoplancton. Bien que l’on ait observé d’août à octobre des pentes spectrales de composition et de taille du plancton statistiquement semblables (c.-à-d. l’efficacité de la chaîne alimentaire) et que l’on puisse utiliser ces données pour comparer la variabilité interannuelle de la composition du plancton, l’échantillonnage sur de plus longues périodes pourrait permettre de saisir les changements phénologiques à long terme de l’abondance et de la composition du plancton liés à divers processus, y compris les changements climatiques. Les conclusions fournissent une orientation sur l’échantillonnage optimal aux fins de la surveillance et de l’évaluation des séquences des effets de l’aquaculture.Citer ces données comme: Sharpe H, Lacoursière-Roussel A, Gallardi D (2024). Ecological insight of seasonal plankton succession to monitor shellfish aquaculture ecosystem interactions. Version 3.2. Fisheries and Oceans Canada. Sampling event dataset. https://doi.org/10.25607/2ujdvh

Le plancton (zooplancton et phytoplancton de grande taille) est prélevé au moyen de l’enregistreur de plancton en continu (EPC) dans l’Atlantique Nord-Ouest, le long des routes parcourues par des porte-conteneurs sur la ligne Z entre Reykjavik (Islande) et St. John’s (Terre-Neuve), ainsi que sur les lignes E et MD entre St. John’s et la côte de la Nouvelle-Angleterre le long du plateau néo-écossais. Le relevé par EPC représente le plus ancien et le plus géographiquement vaste relevé écologique marin au monde, et fournit des données comparables sur la distribution spatiale, les cycles saisonniers et les changements interannuels de l’abondance du plancton à grande échelle. Les premiers échantillons en provenance de l’Atlantique Nord-Ouest ont été prélevés en 1957 dans la mer d’Irminger. La zone d’échantillonnage s’est par la suite étendue quelques années plus tard vers l’ouest jusqu’au plateau néo-écossais. L’échantillonnage s’est poursuivi jusqu’à présent en dépit de quelques interruptions au cours des décennies de 1970 et 1980. L’échantillonnage a lieu typiquement une fois par mois le long des lignes E, MD, et Z. La collecte et l’analyse des échantillons de Pêches et Océans Canada sont dirigées par l’équipe du programme du relevé de l’enregistreur de plancton en continu de la Marine Biological Association du Royaume-Uni. Pêches et Océans Canada contribue partiellement au relevé de l’Atlantique Nord-Ouest mené sur les lignes E, MD, et Z, et intègre les données de l’EPC dans les rapports sur l’état de l’océan du Programme de monitorage de la zone Atlantique.

Ce projet avait comme objectif de recueillir des données pour élaborer un modèle du réseau alimentaire des niveaux trophiques inférieurs de la zone littorale de la mer de Beaufort. L'échantillonnage a eu lieu de 2005 à 2008 à bord du NGCC Nahidik. Le caractère multidisciplinaire du programme Nahidik a permis de réaliser des mesures de biologie et d'écologie (production primaire, phytoplancton, zooplancton, benthos, poissons), d'océanographie chimique et physique, de contaminants, de géologie et d'hydroacoustique. Les données ont été recueillies en juillet et août de chaque année. Le programme Nahidik a fourni des données permettant de constituer une base de référence pour les études futures, ainsi qu'une source d'information pour l'évaluation environnementale.Ce registre contient des données sur la qualité de l'eau, notamment l'azote et le phosphore en suspension et totaux, le carbone dissous et en suspension, la chlorophylle a et le silicium en suspension.

Du 2 août au 9 septembre 2013, Pêches et Océans Canada a effectué un relevé initial des poissons marins et de leurs habitats sur le plateau et le talus canadien de la mer de Beaufort. L’échantillonnage a été effectué à partir du F/V Frosti à 64 stations réparties le long de dix transects. Un échantillonnage normalisé a été effectué à des stations de profondeur prédéterminée (20 à 40, 75, 200, 350, 500, 750 et 1 000 m) à l’aide de divers équipements d’échantillonnage, notamment des chaluts benthiques, des filets à plancton, des carottiers à sédiments, des instruments de mesure CTP et un échantillonneur d’eau. Une sonde CTP spécialisée (CTP-en cours) a été déployée aux 72 stations supplémentaires pendant que le navire était en route. Voici l’information sur les lieux d’échantillonnage et l’équipement d’échantillonnage déployé à chaque station.

Ce projet avait comme objectif de recueillir des données pour élaborer un modèle du réseau alimentaire des niveaux trophiques inférieurs de la zone littorale de la mer de Beaufort. L'échantillonnage a eu lieu de 2005 à 2008 à bord du NGCC Nahidik. Le caractère multidisciplinaire du programme Nahidik a permis de réaliser des mesures de biologie et d'écologie (production primaire, phytoplancton, zooplancton, benthos, poissons), d'océanographie chimique et physique, de contaminants, de géologie et d'hydroacoustique. Les données ont été recueillies en juillet et août de chaque année. Le programme Nahidik a fourni des données permettant de constituer une base de référence pour les études futures, ainsi qu'une source d'information pour l'évaluation environnementale. Ce registre contient les coordonnées géographiques et les noms des stations de 2005 à 2008.

Il n’existe pas de données empiriques à l’échelle de la baie sur la manière dont l’aquaculture des bivalves modifie la composition du plancton et, par conséquent, le fonctionnement écologique et les niveaux trophiques supérieurs. Les variations temporelles, inter et intrabaie des pressions hydrodynamiques, environnementales et aquacoles limitent l’efficacité de la surveillance du plancton visant à détecter les changements à l’échelle de la baie et éclairer les interactions de l’écosystème aquacole. Ici, nous avons utilisé la cytométrie en flux pour étudier les variations spatio-temporelles de la composition des bactéries et du phytoplancton (< 20 µm) dans quatre échancrures d’aquaculture de bivalves. Nous avons observé une plus forte abondance de bactéries et de phytoplancton dans les échancrures peu profondes où l’eau douce et les nutriments étaient plus abondants. L’appauvrissement des éléments nutritifs peut avoir mené à la dominance des cellules de picophytoplankton, qui ont montré une forte variation à l’intérieur de la baie en fonction de l’influence fluviale par rapport à celle de l’eau douce et de la disponibilité des éléments nutritifs. Bien que les forçages environnementaux semblent être un facteur important des tendances spatio-temporelles, les résultats ont montré que l’aquaculture de bivalves peut réduire l’abondance du phytoplancton à proximité des zones de concession et favoriser la croissance bactérienne. Nous discutons des séquences des effets de l’aquaculture, comme le broutage, les processus de couplage benthique-pélagique et le cycle biogéochimique microbien. Les conclusions fournissent des indications sur les considérations optimales d’échantillonnage utilisant la cytométrie en flux dans les sites d’aquaculture en fonction de la géomorphologie et de l’hydrodynamique des échancrures.Citer ces données comme: Sharpe H, Lacoursière-Roussel A, Barrell J (2024). Monitoring bay-scale bivalve aquaculture ecosystem interactions using flow cytometry. Version 1.2. Fisheries and Oceans Canada. Samplingevent dataset. https://ipt.iobis.org/obiscanada/resource?r=monitoring_bay-scale_bivalve_aquaculture_ecosystem_interactions_using_flow_cytometry&v=1.2

Ce dossier contient des renseignements sur les échantillons prélevés et les paramètres prévus pour l’analyse de carottes de sédiments prélevées dans le cadre de ce projet, notamment les bactéries, la chimie, les isotopes stables, les acides gras ou la méiofaune.

Du 5 août au 3 septembre 2012, Pêches et Océans Canada a effectué un relevé initial des poissons marins et de leurs habitats sur le plateau et le talus canadien de la mer de Beaufort. L’échantillonnage a été effectué à partir du F/V Frosti à 28 stations réparties le long de quatre transects. Un échantillonnage normalisé a été effectué à des stations de profondeur prédéterminée (20 à 40, 75, 200, 350, 500, 750 et 1 000 m) à l’aide de divers équipements d’échantillonnage, notamment des chaluts benthiques, des filets à plancton, des carottiers à sédiments, des instruments de mesure CTP et un échantillonneur d’eau. Une sonde CTP spécialisée (CTP-en cours) a été déployée aux 30 stations supplémentaires pendant que le navire était en route. Voici l’information sur les lieux d’échantillonnage et l’équipement d’échantillonnage déployé à chaque station.

La rive nord de l’estuaire maritime (Haute-Côte-Nord, Québec) est un système côtier productif où de nombreuses espèces commerciales d’invertébrés benthiques sont pêchées dans la zone infralittorale (10-20 m) et circalittorale (20-50 m). Cependant, peu de données existent sur la biodiversité des espèces non commerciales et les caractéristiques environnementales de l’habitat benthique de ce milieu. Deux relevés scientifiques ont donc été réalisés en 2018 et 2019 afin de combler ce manque de connaissances en développant un cadre de prises de données de biodiversité et environnementales (colonne d’eau et fond marin) qui serviront à déterminer l’état de référence de l’écosystème benthique de cette région.Les relevés ont été réalisés en 2018 (11-14 août) et en 2019 (30 juillet-5 août) dans la région de la Haute-Côte-Nord (entre Forestville et Godbout). Les relevés suivaient un plan d’échantillonnage fixe de huit transects perpendiculaires à la bathymétrie avec des stations à intervalle de 10 m de profondeur dans une bathymétrie de 10 à 50 m pour un total d’environ 40 stations par relevé. Les spécimens ont été récoltés à l’aide d’un chalut à bâton (ou chalut à perche) d’une ouverture de 2.8 m. Les traits ont été réalisés à une vitesse visée de 2 nœuds et d’une durée visée de 7 minutes. Les positions début et fin ont été notées pour calculer la distance parcourue à chaque trait à l'aide de la bibliothèque geosphere de R. La distance moyenne des traits était d’environ 425 m. La superficie couverte à chaque trait était le produit de l’ouverture du chalut et de la distance parcourue. Les trois fichiers fournis (format DarwinCore) sont complémentaires et sont reliés par la clé « IDactivité ». Le fichier «information_activité» comprend les informations génériques de l'activité, notamment la date et la localisation. Le fichier «information_supplémentaire_activité_et_occurrence» comprend notamment la taille de l'échantillon, le protocole et l’effort d’échantillonnage. Le fichier «occurrence_taxon» comprend la taxonomie des espèces observées, identifiées à l’espèce ou au niveau taxonomique le plus bas possible. Pour obtenir l’évaluation de l’abondance et de la biomasse, communiquez avec Virginie Roy (virginie.roy@dfo-mpo.gc.ca).Pour les contrôles de qualité, tous les noms taxonomiques ont été vérifiés sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ « IDnomScientifique » du fichier d'occurrence. Les cas spéciaux ont été notés dans « commentairesIdentification » et certains spécimens sélectionnés ont été confirmés à l'aide de photos de terrain. Les contrôles de la qualité des données ont été effectués à l'aide des bibliothèques R obistools et worrms. Tous les emplacements d'échantillonnage ont été validés spatialement.Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.

Ce projet a été mené à bien par le Programme sur les données environnementales côtières de référence (Section de l’écologie côtière et des eaux douces) de la Direction des sciences des Pêches et des Océans (MPO) de la région de Terre-Neuve-et-Labrador. La communauté de poissons et d’invertébrés de la côte a été échantillonnée annuellement dans la baie Placentia à 14 sites pendant 5 ans (de 2018 à 2022). L’objectif de ce programme était de recueillir des données sur les communautés et les habitats de poissons juvéniles (en particulier la morue de l’Atlantique) dans la baie Placentia. Les sites et le calendrier (octobre) ont été choisis en fonction de l’échantillonnage historique. Plusieurs types de données ont été recueillis au cours de chacune de ces excursions d’échantillonnage. L’ensemencement de la plage à bord d’un bateau a servi à recueillir des données sur la diversité, l’abondance, la répartition et la taille des poissons et des invertébrés. Des transects visuels ont été utilisés pour déterminer les types et les proportions de végétation et de substrat (habitat) aux sites de pêche à la senne. Les profils CTP (température, conductivité, profondeur et salinité) ont été obtenus à l’aide d’un CTP de dragage. Enfin, des échantillons d’ADN électronique ont été prélevés à chaque site (2018-2021) pour obtenir des renseignements complémentaires sur la présence de poissons juvéniles et d’autres espèces présentes. Ce document contient l’emplacement géographique des 14 sites et des renseignements sur le moment et le type de données recueillies à chaque site.