Cet ensemble de données contient l'abondance (par m²) et la biomasse (mg sec par m²) de macrofaune (≥ 500µm) dans les herbiers marins de zostère et les sédiments mous nus adjacents, collectés sur les sites dans l'Atlantique de la Nouvelle-Écosse de 2009 à 2013.Citer ces données comme suit : Wong, M. C. « Data of: Benthic invertebrates in seagrass and bare soft sediments in Atlantic Nova Scotia ». Date de publication : mai 2020. Division des sciences des écosystèmes côtiers, Pêches et Océans Canada, Dartmouth (Nouvelle-Écosse). https://open.canada.ca/data/fr/dataset/05d5f46a-7f19-11ea-8a4e-1860247f53e3Ouvrages: Wong, M. C., & Dowd, M. (2021). Functional trait complementarity and dominance both determine benthic secondary production in temperate seagrass beds. Ecosphere. 12(11), e03794. https://doi.org/10.1002/ecs2.3794Wong, M. C. (2018). Secondary Production of Macrobenthic Communities in Seagrass (Zostera marina, Eelgrass) Beds and Bare Soft Sediments Across Differing Environmental Conditions in Atlantic Canada. Estuaries and Coasts, 41, 536–548. https://doi.org/10.1007/s12237-017-0286-2

Cette couche de données présente en détail les zones importantes (ZI) pour les principales espèces d’invertébrés (qui ne sont pas des coraux ou des éponges) dans l’écorégion de la côte ouest de l’île de Vancouver (COIV). Ces données ont été cartographiées afin d’éclairer la sélection des zones marines d’importance écologique et biologique (ZIEB). Les experts ont indiqué que ces zones sont pertinentes en raison de leur classement élevé par rapport à l’un ou plusieurs des trois critères suivants : unicité, concentration et conséquences sur la valeur adaptative. La répartition des ZI au sein des écorégions est utilisée pour la désignation des ZIEB.La Loi sur les océans du Canada offre un cadre législatif pour la gestion des océans canadiens selon une approche complète des écosystèmes, en particulier dans les zones considérées comme importantes sur le plan écologique ou biologique. Pêches et Océans Canada (MPO) a élaboré des directives pour la désignation des zones d'importance écologique et biologique (ZIEB). Les critères servant à définir ces zones comprennent l'unicité, la concentration, les conséquences sur le succès reproducteur, la résilience et le caractère naturel. Le présent processus de consultation scientifique expose les propositions de zones d'importance écologique et biologique (ZIEB) dans les eaux marines dans la région canadienne du Pacifique, en particulier dans le détroit de Georgia, le long de la côte ouest de l'île de Vancouver (écorégion du plateau sud), et dans la zone de gestion intégrée de la côte nord du Pacifique (ZGICNP) (écorégion du plateau nord).La première évaluation des ZI dans la ZGICNP s’est déroulée de septembre 2004 à mars 2005. Cathryn Clarke a coordonné la collecte des données spatiales. D’autres travaux ont été réalisés sur la côte ouest de l’île de Vancouver (COIV) et dans le détroit de Georgia (DG) en 2009 et il se peut qu’on ait eu recours à des conseillers scientifiques, des étendues temporelles, des données et des méthodes d’évaluation différents. Dans certains cas, l’évaluation des ZI sur la COIV et dans le DG permet de réviser les données recueillies au sujet de la ZGICNP; elle doit alors être traitée comme une activité distincte.D’autres ensembles de données de cette série présentent en détail les ZI pour les oiseaux, les cétacés, les coraux et les éponges, les poissons, les caractéristiques géographiques et les autres vertébrés.Bien que la collecte de données soit considérée comme terminée, l’émergence de nouvelles données importantes peut justifier une révision des ZI au cas par cas.

L’objet de cette enquête est de documenter et enregistrer les catégories d’habitat et leurs espèces d’algues et d’invertébrés marins associés dans de diverses catégories d’habitat. L’emplacement des transects sont sélectionnés au hasard au long de la région d’étude, alternant entre les côtes Nord et Sud de la Colombie-Britannique deux fois par année. Les transects sont posés perpendiculairement à la côte. Une équipe de deux plongeurs nagent le long du transect afin de rassembler des données sur l’habitat, les algues et les invertébrés marins, tel que montré dans la section des méthodes. Les données sont saisies dans une base de données MS Access qui permet d’effectuer des requêtes de données sur les espèces observées et les informations environnementales.Cet ensemble de données comprend trois tableaux extraits de la base de données originale, contenant des observations par espèces, des observations par échantillonage quadrat et des informations additionelles pour chaque observation. Les tableaux peuvent être reliés par le champ HKey. Trois tableaux de référence sont également inclus, un pour les algues, un pour les invertébrés marins et un pour les substrats.

Ce jeu de données documente les occurrences d'épifaune collectées de 2021 à 2024 lors de l'évaluation environnementale marine de la mer de Beaufort canadienne (CBS-MEA) menée par Pêches et Océans Canada (MPO). Le programme CBS-MEA se concentre sur l'intégration de l'océanographie, des liens dans le réseau alimentaire, des couplages physico-biologiques et des variabilités spatiales et interannuelles. Le programme vise également à élargir la couverture de référence de la diversité des espèces, des abondances et des associations avec les habitats dans des zones de la mer de Beaufort et de l'archipel canadien de l'Ouest précédemment non étudiées. L'étude a eu lieu principalement dans la mer de Beaufort et dans le golfe d'Amundsen. L'échantillonnage est effectué le long de transects à des stations fixes dans la zone d'étude. Les prises sont collectées avec un chalut à perche benthique de 3 m pendant 10 minutes de contact avec le fond à une vitesse cible de 2 noeuds et avec un chalut à panneaux Atlantic Western IIA modifié pendant 20 minutes de contact avec le fond à une vitesse cible de 2,9 noeuds. Un total de 32 stations ont été échantillonnées pour l'épifaune en 2021, 22 en 2022, 23 en 2023 et 22 en 2024, à des profondeurs entre 22 et 655 m. Les invertébrés épibenthiques sont identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible et photographiés. Tous les spécimens inconnus sont congelés. En laboratoire, les identifications sont validées ou précisées avec les photos et les spécimens congelés.Les données sont présentées en format Darwin Core et sont séparées en deux fichiers : Le fichier "Activité_épifaune_CBSMEA_epifauna_event_fr" qui contient les informations des missions, des stations et des déploiements, qui sont présenté sous une structure d'activité hiérarchique.Le fichier "Occurrence_épifaune_CBSMEA_epifauna_fr" qui contient les occurrences taxonomiques.

La Direction des sciences du ministère des Pêches et des Océans (MPO) a conçu un protocole de relevé multispécifique en plongée pour assurer une surveillance impartiale à l'échelle de la côte des stocks d'invertébrés benthiques (comme l'exige la Loi sur les pêches mise à jour) et des renseignements connexes sur l'habitat d'une série d'espèces d'invertébrés marins benthiques (vert (Strongylocentrotus droebachiensis), violet (S. purpuratus) et oursin rouge (Mesocentrotus franciscanus), panocanard(panopea generosa), concombre géant de mer rouge (Apostichopus californicus), ormeau nordique (Haliotis kamtschatkana), Étoile de mer de tournesol (Pycnopodia helianthoides)). D'après les renseignements disponibles à l'heure actuelle, le plan de relevé proposé peut fournir des estimations de l'état des stocks d'oursins rouges et de concombre rouge géant à l'échelle de la côte, ainsi que des indices d'abondance relative pour le panocanard, l'oursin vert, l'oursin violet, l'ormeau nordique et l'étoile de mer de tournesol.Le nouveau protocole a été mis à l'essai au moyen d'une série de relevés pilotes menés sur un sous-ensemble de zones de la côte de la Colombie-Britannique chaque année en septembre de 2016 à 2021. La conception des relevés pilotes reposait sur les données et l'expérience des relevés de plongée antérieurs et a démontré la faisabilité pratique du protocole, tout en recueillant des renseignements préliminaires pour orienter les recommandations sur la conception statistique de l'enquête.L'ensemble de données consiste en une base de données relationnelle contenant des tableaux représentant chaque composante de la méthodologie de l'enquête. L'élément principal du relevé est l'emplacement du transect. Le long de chaque transect, des quadrats systématiquement espacés sont échantillonnés, et sur chaque quadrat, des observations de substrat sont enregistrées, de multiples espèces d'algues sont enregistrées et plusieurs invertébrés individuels sont mesurés ou comptés. Les tables sont reliées par numéro de transect et numéro de quadrat.

Le surveillance des invertébrés benthiques porte à la fois sur les écosystèmes lotiques (rivières ou ruisseaux) et les écosystèmes lentiques (terres humides). La biosurveillance aquatique offre une mesure directe des changements touchant les populations et les communautés biotiques selon le point de référence ou les conditions de référence et aide à déterminer les répercussions écologiques de facteurs de stress cumulatifs. Utilisé conjointement aux composantes de surveillance des paramètres physiques et chimiques de l'eau, ce programme utilise une approche intégrée afin de déterminer si les répercussions écologiques sont dues à l'exploitation des sables bitumineux. L'échantillonnage peut inclure la collecte d'invertébrés, la biomasse des algues, la composition chimique de l'eau et des renseignements à l'appui pertinents concernant l'habitat. Il est, en outre, mené au cours de périodes de forte abondance et de diversité des macro-invertébrés. L'échantillonnage porte principalement sur les habitats de gravier et de sable près des rives de la rivière Athabasca, ainsi que sur les habitats d'érosion dans les principaux affluents et dans les zones accessibles à gué dans les terres humides deltaïques, au sein de la zone géographique élargie. Au mois d'octobre 2012, plus de 80 sites avaient déjà été visités.

Les systèmes de classification marine fondés sur des substituts abiotiques orientent souvent la planification régionale de la conservation marine au lieu de données biologiques détaillées. Toutefois, ces systèmes peuvent mal représenter les modèles biologiques écologiquement pertinents nécessaires à une conception et à des stratégies de gestion efficaces. Nous avons utilisé une approche de modélisation au niveau de la communauté pour caractériser et délimiter des assemblages représentatifs à méso-échelle (des dizaines à des milliers de kilomètres) de poissons démersaux et d’invertébrés benthiques dans l’Atlantique Nord-Ouest. Le regroupement hiérarchique des données sur la présence des espèces provenant de quatre relevés régionaux annuels multispécifiques au chalut a révélé de trois à six regroupements (types d’assemblage prédominants) dans chaque région de relevé, généralement associés à des caractéristiques géomorphiques et océanographiques. Les analyses d’indicateurs ont permis d’identifier de 3 à 34 taxons emblématiques de chaque type d’assemblage. Les classifications selon une approche de forêt aléatoire ont prédit avec précision les répartitions d’assemblage à partir des covariables environnementales (courbe de l’opérateur récepteur > 0,95) et ont déterminé les limites thermiques (températures minimales et maximales annuelles du fond) comme des prédicteurs importants de la répartition dans chaque région. En utilisant les conditions océanographiques prévues pour l’année 2075 et un modèle de classification régionale, nous avons projeté la répartition des assemblages dans la biorégion la plus méridionale (plateau néo-écossais et baie de Fundy) dans le cadre d’un scénario climatique à fortes émissions (RCP 8.5). Des extensions de l’aire de répartition vers le nord-est sont prévues pour les assemblages associés aux eaux plus chaudes et moins profondes de l’ouest du plateau néo-écossais au cours du 21e siècle, à mesure que l’habitat thermique de l’est du plateau néo-écossais, relativement plus frais, devient plus favorable. La modélisation au niveau de la communauté fournit une approche biotique permettant de déterminer la structure écologique à grande échelle nécessaire à la conception et à la gestion de réseaux de zones de protection marine écologiquement cohérents, représentatifs et bien reliés entre eux. Combinée aux prévisions océanographiques, cette approche de modélisation fournit un outil spatial permettant d’évaluer la sensibilité et la résilience aux changements climatiques, ce qui peut améliorer la planification de la conservation, la surveillance et la gestion adaptative.Citer ces données comme: O'Brien, J.M., Stanley, R.R.E., Jeffery, N.W., Heaslip, S.W., DiBacco, C., and Wang, Z. Assemblages de poissons démersaux et d’invertébrés benthiques dans l’Atlantique Nord-Ouest.Publié en Decembre 2024. Division de la science des écosystèmes côtiers, Région du Maritimes, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É). https://open.canada.ca/data/fr/dataset/14d55ea5-b17d-478c-b9ee-6a7c04439d2b

Cette ressource documente un jeu de données sur les occurrences d’épifaune collectées en 2021 dans le cadre du programme KEBABB (Knowledge and Ecosystem-Based Approach in Baffin Bay) développé par Pêches et Océans Canada (MPO) en collaboration avec des partenaires universitaires. L’objectif général du programme KEBABB est de caractériser la variabilité et les tendances des conditions océanographiques physiques, chimiques et biologiques et des réseaux trophiques soutenant les pêches dans les écosystèmes de l’ouest de la baie de Baffin et du détroit de Lancaster. En 2021, le MPO a étendu le programme KEBABB au détroit de Barrow (KEBABS-Knowledge and Ecosystem-Based Approach in Barrow Strait), une zone productive clé de l’aire marine nationale de conservation de Tallurutiup Imanga. L’étude a eu lieu dans l’Arctique canadien de l’Est (principalement dans la baie de Baffin, détroit de Davis et détroit de Barrow). L’échantillonnage est effectué le long de transects à des stations fixes dans la zone d’étude. Les prises sont collectées avec un chalut Agassiz de 3 m (filet à mailles internes de 5 mm) pendant 3 minutes de contact avec le fond à une vitesse cible de 1.5 nœuds et avec un chalut à perche benthique de 3 m (filet à mailles internes de 6.4 mm) pendant 15 minutes de contact avec le fond à une vitesse cible de 3 nœuds. Un total de 16 stations ont été échantillonnées pour l’épifaune en 2021 entre 85 et 850 m. Les invertébrés épibenthiques sont identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible et photographiés. Tous les spécimens inconnus sont congelés. En laboratoire, les identifications sont validées ou précisées avec les photos et les spécimens congelés.Les données sont présentées en format Darwin Core et sont séparées en deux fichiers :Le fichier “Activité_épifaune_KEBABB_epifauna_event_fr” qui contient les informations des missions, des stations et des déploiements, qui sont présenté sous une structure d’activité hiérarchique.Le fichier “Occurrence_épifaune_KEBABB_epifauna_fr” qui contient les occurrences taxonomiques.De plus amples détails sur l’échantillonnage se trouvent dans le rapport suivant : Pućko, M., Charette, J., Tremblay P., Brulotte S., St-Denis B., Ciastek S., Hedges, K., Kuzyk, Z., Roy V., and Michel, C. 2022. An ecosystem-based approach in the eastern Arctic: KEBABB/S (Knowledge and Ecosystem-Based Approach in Baffin Bay/Barrow Strait) 2021 expedition report. Can. Manuscr. Rep. Fish. Aquat. Sci. 3250: viii + 58 p. https://publications.gc.ca/collections/collection_2022/mpo-dfo/Fs97-4-3250-eng.pdfLIMITATION DE L’UTILISATION :Pour assurer l’intégrité scientifique et l’utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données.

La rive nord de l’estuaire maritime (Haute-Côte-Nord, Québec) est un système côtier productif où de nombreuses espèces commerciales d’invertébrés benthiques sont pêchées dans la zone infralittorale (10-20 m) et circalittorale (20-50 m). Cependant, peu de données existent sur la biodiversité des espèces non commerciales et les caractéristiques environnementales de l’habitat benthique de ce milieu. Deux relevés scientifiques ont donc été réalisés en 2018 et 2019 afin de combler ce manque de connaissances en développant un cadre de prises de données de biodiversité et environnementales (colonne d’eau et fond marin) qui serviront à déterminer l’état de référence de l’écosystème benthique de cette région.Les relevés ont été réalisés en 2018 (11-14 août) et en 2019 (30 juillet-5 août) dans la région de la Haute-Côte-Nord (entre Forestville et Godbout). Les relevés suivaient un plan d’échantillonnage fixe de huit transects perpendiculaires à la bathymétrie avec des stations à intervalle de 10 m de profondeur dans une bathymétrie de 10 à 50 m pour un total d’environ 40 stations par relevé. Les spécimens ont été récoltés à l’aide d’un chalut à bâton (ou chalut à perche) d’une ouverture de 2.8 m. Les traits ont été réalisés à une vitesse visée de 2 nœuds et d’une durée visée de 7 minutes. Les positions début et fin ont été notées pour calculer la distance parcourue à chaque trait à l'aide de la bibliothèque geosphere de R. La distance moyenne des traits était d’environ 425 m. La superficie couverte à chaque trait était le produit de l’ouverture du chalut et de la distance parcourue. Les trois fichiers fournis (format DarwinCore) sont complémentaires et sont reliés par la clé « IDactivité ». Le fichier «information_activité» comprend les informations génériques de l'activité, notamment la date et la localisation. Le fichier «information_supplémentaire_activité_et_occurrence» comprend notamment la taille de l'échantillon, le protocole et l’effort d’échantillonnage. Le fichier «occurrence_taxon» comprend la taxonomie des espèces observées, identifiées à l’espèce ou au niveau taxonomique le plus bas possible. Pour obtenir l’évaluation de l’abondance et de la biomasse, communiquez avec Virginie Roy (virginie.roy@dfo-mpo.gc.ca).Pour les contrôles de qualité, tous les noms taxonomiques ont été vérifiés sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ « IDnomScientifique » du fichier d'occurrence. Les cas spéciaux ont été notés dans « commentairesIdentification » et certains spécimens sélectionnés ont été confirmés à l'aide de photos de terrain. Les contrôles de la qualité des données ont été effectués à l'aide des bibliothèques R obistools et worrms. Tous les emplacements d'échantillonnage ont été validés spatialement.Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces d’invertébrés dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés en 2018 à l’aide du marqueur COI.Les relevés ont étés réalisés à l’été 2018 du 11 au 14 août, entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 9-52 mètres de profondeur dans 40 stations, avec un seul échantillon par station. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies au locus COI ont été préparées par Génome Québec et séquencées sur un système Illumina MiSeq PE250. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse maison tel que reporté dans Bourret et al. 2022. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (ou Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUS a par la suite été corrigée en prenant compte des témoins négatifs, où le nombre d’observations dans ces derniers a été retiré des échantillons liés. Les MOTUs singletons ont également été retirés. Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du classifier IDTAXA (présent dans le paquet R DECIPHIER) en utilisation un training set entrainé sur la banque de référence COI pour le Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) et une seuil de 40. Les détections avec une catégorie « Unreliable due to gaps » ont été rapportées au niveau du genre uniquement. Le fichier fournis comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilises pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces . La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l’Institute Maurice-Lamontagne. Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins.Les données sont aussi accessible sur la plateforme OGSL : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b